A Secretaria de Assalariados da FETAEG, atuando em sintonia com as demais secretarias e com os sindicatos dos trabalhadores rurais, tem como função principal a defesa dos direitos e interesses dos assalariados e assalariadas rurais, discutindo e implementando políticas de emprego, melhores salários e melhores condições de trabalho. Para tanto, estimula e auxilia a organização da categoria específica nos sindicatos dos trabalhadores rurais,  atua especificamente no combate ao trabalho infantil e escravo, na divulgação e cumprimento dos direitos trabalhistas, na defesa dos interesses através de ações judiciais e, sobretudo, no encaminhamento de campanhas salariais e na discussão e celebração de acordos coletivos e convenções coletivas de trabalho nas diversas atividades do setor agropecuário, assumindo efetivamente a função de órgão de representação dos interesses dos trabalhadores e trabalhadoras rurais.

Além das visitas aos sindicatos e locais de trabalho, para conhecer, discutir e solucionar os problemas concretos dos trabalhadores em cada realidade específica, a secretaria se encarrega, também, da formação relacionada aos direitos trabalhistas, realizando cursos de capacitação para dirigentes sindicais,  lideranças de base e funcionários dos sindicatos, qualificando-os em relação aos direitos, sobre saúde e segurança no ambiente de trabalho, prevenção de acidentes, tanto no transporte como nos locais de trabalho e no manuseio e aplicação de agrotóxicos.

O MSTTR, englobando a FETAEG e os sindicatos, desempenha, também, o importante papel de fiscalização quanto ao cumprimento nas normas legais e coletivas relacionadas às condições de trabalho, efetuando denúncias e solicitando a fiscalização por parte dos órgãos competentes nas situações de violação dos direitos.

Para dar maior qualidade ao conjunto do Movimento Sindical de Trabalhadores e Trabalhadoras Rurais, tem, ainda a função de interligar as lutas específicas dos assalariados e assalariadas rurais com a ação das demais secretarias e com as lutas gerais do MSTTR.