A Secretaria de Política Agrícola tem a função de coordenar as ações do MSTR na elaboração de propostas, negociação e acompanhamento da execução das políticas públicas destinadas aos agricultores familiares, em relação à produção rural e proteção do meio ambiente.

É também função desta Secretaria coordenar as iniciativas do MSTR, voltadas para a organização da cadeia produtiva da Agricultura Familiar, associativismo rural e preservação ambiental no âmbito estadual.

Outra função da Secretaria é promover a interação entre o MSTR e a sociedade, buscando promover parcerias que possibilitem a realização de ações conjuntas que venham contribuir com a melhoria da qualidade de vida dos agricultores familiares no Estado.